果，詹姆斯諾林頓卻被失去記憶的比爾特納所殺，換來了伊莉莎白斯旺等人的逃離。

    另外在黑珍珠號上，其實威爾特納也暗中與卡特勒貝克特達成了交易，在之前新加坡與邵峰達成交易時，邵峰就是通過威爾特納與卡特勒貝克特搭上的，只是威爾特納沒有預料到邵峰居然踢開了自己直接和卡特勒貝克特又有協議。此時，威爾特納就將屍體綁在酒桶上，然後扔在海面上，通過屍體吸引海鷗的方式給卡特勒貝克特指明方向。

    同樣與卡特勒貝克特達成交易的傑克斯派洛發現了這一點，傑克斯派洛答應，由他來殺死戴維瓊斯，掌控飛翔荷蘭人號，給予比爾特納自由，然後威爾特納不僅拯救了父親，又可以和伊莉莎白斯旺在一起，而傑克斯派洛則可以成為永遠在海上漂泊。達成了協議之後，傑克斯派洛就把威爾特納扔下了海，讓威爾特納直接去與卡特勒貝克特匯合，而他則繼續留在黑珍珠號上。

    當黑珍珠號抵達沉船灣的時候，提亞朵瑪試圖離開，卻被巴博薩留了下來，原來女巫提亞朵瑪就是科莉布索，而當年與戴維瓊斯相愛的也就是她。只是，科莉布索當年失去了控制。戴維瓊斯也不知道科莉布索到底是不是真的愛自己，無奈之下，才聯合了其他八名海盜王，封印了已經喪失理智的科莉布索。

    而科莉布索——也就是提亞朵瑪願意去拯救傑克斯派洛。也就是因為，當初九名海盜王一起封印了她，要接觸封印也必須有九名海盜王！

    很快，世界九大海盜王一起聚集在了沉船灣，他們分別是加勒比海盜王傑克斯派洛，南中國海海盜王伊莉莎白斯旺，裏海海盜王巴博薩。印度洋海盜王薩巴吉，黑海海盜王安曼，地中海海盜王歇瓦勒，太平洋海盜王清夫人，大西洋海盜王喬卡德，亞得里亞海海盜王維蘭紐。這久違擁有最強實力的海盜王舉行了一場重要的會議。

    在會議上，他們關於是正面迎戰卡特勒貝克特，還是躲在沉船灣這個不可摧毀的堡壘里發生了激烈的爭議；另外關於是否應該釋放科莉布索。九個人也是有不同的意見。無奈之下，他們只能請出了法典。

    最後，傑克斯派洛建議根據法典選出一位海盜王。來做出最後的抉擇。各個海盜王都選擇了自己，而傑克斯派洛則出人意料地選擇了伊莉莎白斯旺。於是，伊莉莎白斯旺成為海盜王。

    伊莉莎白斯旺主張戰鬥，但是出去之後才卡特勒貝克特的船隊實在太過強大，無奈之下只能選擇談判。

    海盜一方的代表是伊莉莎白、巴博薩和傑克，另外一方的代表則是貝克特、威爾和戴維。最終，傑克和威爾互相交換，而在傑克離開之前，巴博薩使了計策。將傑克斯派洛封印科莉布索的信物留了下來。隨後，戰爭一觸即發。

    傑克斯派洛正如預期，登上了飛翔荷蘭人號，他接下來要做的，就是找到戴維瓊斯的心臟，刺穿。然後取代戴維瓊斯成為飛翔荷蘭人號的船長，然後幫助黑珍珠號調頭去對付卡特勒貝克特。

    回到了黑珍珠號上，巴博薩成功地將科莉布索釋放了出來，引發了劇烈的海嘯。在海嘯之中，黑珍珠號和飛翔荷蘭人號展開了激烈的交火。

    傑克斯派洛歷經千辛萬苦終於拿到了戴維瓊斯的心臟，但就在他要舉手刺下去之前，戴維瓊斯卻先一刀刺穿了威爾特納的心臟。在這種情況下，傑克斯派洛只能放棄了自己成為不死海盜船長的夢想，手握威爾特納的右手，刺穿了戴維瓊斯的心臟。戴維瓊斯死亡了，而飛翔荷蘭人號也得到了解放，同時，威爾特納則成為了新任的飛翔荷蘭人號船長。

    飛翔荷蘭人號在威爾特納的帶領下，與傑克斯派洛的黑珍珠號左右夾擊，一起擊沉了卡特勒貝克特上將的戰艦進取號！卡特勒貝克特在明白事情的經過之後，被震驚了，所有船員都棄船而逃時，他卻留在了船上，在漫天飛舞的木屑之中，他壯烈地被火光所吞沒。

    勝利後的威爾特納把心交給了伊莉莎白特納，然後帶着僅剩的比爾特納船員，駕駛着飛翔荷蘭人號重新踏上了旅程。而巴博薩船長則丟下了傑克斯派洛，帶上了黑珍珠號去尋找不老泉，但是他離開之後才航海圖的中間部分全部都被傑克斯派洛挖走了，而被拋棄的傑克斯派洛則帶着神秘海圖駕駛着小帆船，開始了他新的海盜之旅！

    在電影結束之後，所有字幕都播放完畢時，還有一個小彩蛋。那就是十年後，伊莉莎白斯旺帶着