令，還都取得了不錯的效果，還有一事是當時南直隸滿清推行剃頭令，大量的難民為了活命被迫剃頭，而當時滿清統治不穩固，南直隸和浙江的一些府縣易手多次。這些普通的農民算是倒了大霉，不剃頭清軍要殺，剃了頭明軍來了還要殺。朱聿鍵上台後頒佈法令，說不剃頭的是臣民，剃頭的是難民，都是我大明的子民，這樣才制止住對百姓的屠殺。

    但是朱聿鍵可悲在他沒有一隻完全聽命於自己的軍隊，當時福建所有軍隊都是鄭家的，湖廣江西的明軍都聽何騰蛟的，朱聿鍵很多命令到他們手上都變成一紙空文，這樣還想中興大明？實在可笑。

    在七月份浙東被清軍攻克，魯王政權滅亡，魯王朱以海不知所終，當消息傳到福州的時候朱聿鍵第一時間找到鄭芝龍，讓他帶兵北上抗清。可是鄭芝龍害怕自己的實力受損失，竟然放棄閩浙咽喉仙霞關，帶領軍隊逃回自己的老巢安平。這個時候滿清已經看到南明各支軍隊沒有什麼抵抗意志，在洪承疇的建議下，派出了多路勸降使節，分別趕往湖廣、江西、福建，準備和平解決南明各勢力。

    派到福建的是招撫福建御史黃熙胤，算是鄭芝龍的老鄉。唐王朱聿鍵已經發現鄭芝龍不聽使喚，知道再留在福州不安全，帶領一些心腹文人連夜逃往延平。

    鄭芝龍發現皇帝跑了更加堅定他投降滿清的決心，在自己兒子鄭森苦勸無果下，鄭芝龍只帶了十幾個人北上仙霞關，投降了滿清，在十二年後，鄭芝龍及其子孫家眷十一人被清廷殺於北京菜市口，鄭氏在北京老少無遺。

    唐王朱聿鍵逃到延平後，給各省下詔書調兵來勤王，可是現在湖廣和江西都在和滿清打仗，四川和雲貴在張獻忠手上，廣東朱宏三那能聽他的，廣西的丁魁楚也陽奉陰違，各方勢力那有功夫管這個空架子皇帝。

    看到外無援兵內無糧草，大學士黃道周毅然站出來要變賣家產募兵北上抗清。可是黃道周一個書生，那裏懂什麼軍事，黃道周弄了幾千人馬，九月十九日北上仙霞關，與清兵抗擊。十月初一抵達廣信，募得三個月兵糧，分兵三路，向清兵發起進攻（幾千人馬還要分三路，書生果然不會打仗），一路向西攻撫州，另兩路北上分攻婺源、休寧，不久三路皆敗。十月六日，黃道周率隊向婺源出發，至童家坊，得知樂平已陷，二十四日，抵明堂里時遇伏，參將高萬容逃隊，於是全軍崩潰。黃道周被徽州守將張天祿俘獲，送至南京。

    黃道周再囚車裏想起來當年自己的學生陳子龍和自己說過，楚王朱宏三有大才，應該是中興之主，南京城破的時候陳子龍來找過黃道周，讓他也一起去投楚王。但是黃道周當時哪看得上那個破落奉國中尉，拒絕了陳子龍的提議。

    想到這裏黃道周心中說道：「人中，天下崩壞如此，希望你說的那個朱宏三真是中興之主！」

    黃道周到了南京後，清廷派使洪承疇勸降，黃道周寫下這樣一副對聯：「史筆流芳，雖未成功終可法；洪恩浩蕩，不能報國反成仇。」將史可法與洪承疇對比。洪承疇又羞又愧，上疏請求免道周死刑，清廷不准。轉過年去，黃道周在南京就義，其門人蔡春落、賴繼謹、趙士超和毛玉潔同日被殺，人稱「黃門四君子」。

    十月二十八日，前面黃道周失敗的消息傳到延平，朱聿鍵立刻逃出延平，到汀州城外時被清軍追上，他帶着曾皇后和忠誠伯周之藩等躲入關帝廟。清兵在門前厲聲呼喝：「朱聿鍵出來。」忽然，一個人手持鋼刀跳出廟門，高喝「我就是隆武帝也」，揮刀殺向清兵，清兵急忙發亂箭將他射死，原來此人是周之藩，他捨身想掩護朱聿鍵脫險。清兵也懷疑他不是隆武帝，進廟搜查，只見後門洞開，廟內空無一人，知朱聿鍵和曾皇后已從後門逃入汀州城內。清軍前鋒統領努山命令幾百個兵士穿上明軍服裝，打着明軍旗號，直奔城門。汀州守軍以為是敗退下來的明軍，讓清軍一擁而入，俘獲了朱聿鍵和曾皇后，並將他倆分別押入轎子送往福州。到閩江支流九溪邊停下休息時，曾皇后猛然竄出轎子，哭喊一聲，陛下宜殉國，妾先去了，縱身跳崖身死。朱聿鍵也幾次想自盡，都因清兵的嚴密監守而未成，於是絕食而死在福州囚處。福州陷落後，陽曲王朱敏渡、松滋王朱演漢、翼城王朱弘橺、奉新王朱常漣遇害。