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    周少桓上任之後，帝國國家機構的最後一塊拼圖，軍事系統也開始了重新組建。不過現在帝國的八大軍區，兩大艦隊都已經組建完畢，因此這一次進行改組的，主要是帝國中央的軍事機構，也就是帝國最高的軍事系統。

    按照商毅的構想，帝國中央的軍事機構將分成兩個部份：國防部和統戰部。國防部的職能是統一管理全國武裝力量的建設工作，軍隊的徵集、編制、裝備、調動，軍事技術的科研開發，軍人銜級評定、薪俸制度，軍工工廠、軍事基地、軍事教育機構的建設，並配合皇帝、內閣參與國家重大方針決策的制定，以及對外軍事交往活動。但並不負責統帥和指揮全國武裝力量的職責。

    而統戰部的任務正是國防部沒有的，主要的職責是：負責統帥和指揮全國武裝力量，平時進行的訓練和各種模擬戰爭的軍事演習任務，在發生戰爭的時候，制定作戰計劃，以及協調解決各軍種間的衝突、銜接、配合等工作。並且向皇帝、內閣的戰爭決議，提供各種參考依據。

    簡單的說，國防部是付責軍隊的曰常政務工作，而統戰部就是為戰爭準備，平時是作為一個國家的參謀部，而在戰爭時期，就成為全國的作戰揮中心。當然在行政級別上，國防部比統戰部高，可以參加內閣會議，而統戰部是部門級別，相當於內閣直屬部門，但卻是兩個獨立的機構，而且接受內閣和國防部的雙層領導。

    國防部設國防部大臣一名，副大臣兩名，以下設政治部、後勤部、裝配部、培訓教育部、軍工科研部、國防戰略部六個部門。而統戰部設部長一名，下設陸軍參謀部、海軍參謀部，特種作戰部、戰術研究部，其中陸軍參謀部、海軍參謀部兼任統戰部副部長。另外還設高級參謀顧問若干。

    但由於這兩個機構的關係實在太過緊密，缺一不可，因此統戰部部長同時也兼任國防部副大臣，而在戰爭爆發到一定規模的時候，兩個部門將合併組成統一國防戰爭指揮部，全面指揮戰爭。

    但和明朝不同，帝國不搞什麼文官節制武將的那一套，因此無論是國防部還是統戰部，官員都必須是現役軍人出任，而且各部門，各級機構的官員，都必須有相應的軍街。但除了國防大臣之外，其他部門都嚴禁參與國家政治，統戰部的官員如果要參加內閣擴大會議，必需要內閣首相同意。

    在中國古代，自宋朝以後，統一王朝建立之後，都會對軍人進行一糸列的壓制，就是怕有人擁兵自重，舉兵謀反，一方面使用大量的文官出任軍事糸統的職位，另一方面又極力貶低武將的社會地位，如宋朝設置的軍事機構樞密院，明朝的兵部，居然禁甴武將出任，武階的一二品官員的實際地位還不如一個五六品的文官。而且在整個社會都出現一種鄙視軍人的風氣，結果絕大部份的社會精英都恥於入伍參軍，相反大量的無業流民、地痞無賴進入軍隊，甚致有不少中高層軍官都是大字不識幾個的大老粗，結果造成了軍隊素質的嚴重下降。

    當然以皇帝的心態來說，當然是認為武官當然是不識字越多越好，越笨越好，這樣也就不會造反了，因此在宋明兩代，也確實幾乎沒有發生過武將擁兵造反的事件，但卻是以犧牲軍隊的戰鬥力為代價的。

    商毅當然知道，軍隊是國家構成的主要基礎，決不能為了控制軍隊，而牲犧軍隊的戰鬥力為代價，因此在起兵以後，商毅也一直在提高軍隊的素質、社會地位，和榮譽感，在建國之後，也是如此，最典型的模過於是軍人可以以軍禮來代替跪拜之禮，這一點在中國古代，是極為特殊的恩待了。

    但這並不表示商毅就會對軍隊放任不管，無限的擴大軍隊的權力，在帝國的政治結構下，軍人可以有很高的社會地位，很強的榮譽感，但在國家的政治領域中，還是應該儘量減少軍隊參於，除了國防大臣之外，其他軍事官負干政是絕對不允許的。中今中外，但凡軍隊涉及到國家政治中,都不會有什麼好結果，要麼是形成以軍人為三獨裁政府，要麼是轉變成為軍國主義國家。

    另外商毅也不可能將全國的軍務權利都交給一個部門進行管理，實際上就是將過去的統戰部一分為二，成為兩個部門，分離出來的國防部主要負任軍政，雖然並沒有直接管理軍隊，但軍隊的選拔、編制、裝配、後勤以及調動