在霍夫曼強力整合與推動下，原本散落各處的超級炸彈項目人員與科研力量逐漸整合在了一起，但其間並不順利，陸軍軍械局、海軍和空軍軍備局等軍事機構、威廉皇帝物理研究所等研究機構均紛紛插手，行政的、經濟的、學術的乃至意識形態的力量滲透其間，表面上大家都為了同一個目標，但實際上各有各的小算盤，這讓霍夫曼很頭疼。

    那些明面上彬彬有禮的專家中也存在着不大不小的矛盾：以海森堡為首的理論物理學家與瓦-爾特-博特為首的實驗物理學家之間存在着「能源派」與「炸彈派」的矛盾，炸彈派中又有「鈾路線」與「鈈路線」的分歧。在霍夫曼看來，所有關於早期原子能利用與核工程項目中出現過的爭論在德國科學家身上都可以找到，偏偏一個個來頭不小且互不買賬。

    更要命的是，科學家們雖然彼此間爭得面紅耳赤，但對行政官僚和軍方將領的態度卻基本一致認為他們啥也不懂。在專家眼裏，沒有物理學或者放射化學博士學位打底，連入門討論資格也沒有。德國人崇尚權威不假，但學術領域崇尚的是學術權威而不是行政權威。倒是霍夫曼和這批專家們溝通幾次後博得了初步認可，認為元首是官僚中最清楚鈾項目底細的人。

    施佩爾費盡心機進行了統合，建築師出身的軍備部長雖然同樣對核武器一竅不通，但對工作統籌與項目人員進行了比較理想的搭配，完成了最讓霍夫曼頭疼的前期準備。根據統一安排，項目負責人由施佩爾親自擔任，日常工作組織開展與費用撥付由米爾希元帥具體負責，學術負責人則由海森堡和博特分別擔任正副手。

    米爾希元帥與鈾項目的關係一直糾纏不清，直到被發配去看管戰俘營後才脫離工程，但所有人都沒想到，僅僅幾個月，這個被認為完全靠邊站的元帥重新站在舞台中央不但擔任了軍備部副部長和托特組織的負責人，還出任整體項目的實際領導。

    從1942年9月霍夫曼決定加速超級炸彈項目並撥款5億馬克以來，整個項目以「阿波羅」為代稱加速運轉，他前後陸續發佈了4條最高指示，雖然每條都假託「美國情報」，但對項目具有重大意義。

    第一，海森堡教授有關幾噸、甚至幾十噸放射性元素才能打造一枚炸彈的理論數值是錯誤的，必須重新計算；

    第二，肯定了低濃度的核原料充當能源，高濃度的核原料充當炸彈的想法讓能源派與炸彈派都有台階下；

    第三，炸彈需要的元素有兩種，一種是鈾，一種是94號元素（鈈）肯定了「鈾路線」與「鈈路線」兩條道路都有合理性；

    第四，不管炸彈需要多少原料，先提取一些高濃度原料用於實驗，積累經驗，途徑是離心機氣體擴散法。

    「尊敬的元首……」雖然海森堡最初的計算數字經過再計算後被認為是錯誤且進行了修正，但一干學者包括意見最大的博特教授並不認為他的能力存在問題，這是學術研究中的正常現象，海森堡本人愉快地接受了這個修正雖然在霍夫曼看來離正確數字還差得很遠。

    他站起來進行主題發言，因為對象不全是專家，因此比較通俗易懂：「我們研究了情報人員從美國人那裏弄來的草圖，雖然不明白具體結構和設計意義，但原理是能推測出來一些的……現在，兩座反應堆的運作都很良好。」

    霍夫曼不動聲色地點點頭，他知道這句話後面的隱情：海森堡認為維持鏈式反應最好的減速劑是重水，並設計了「鈾-重水反應堆」；而德國首席實驗物理學家博特認為最好的減速劑是石墨，並針鋒相對地設計了「鈾-石墨反應堆」。兩人之間既有理論派與實驗派的對立，又有科研方向的不同。

    施佩爾對此很頭疼，以他孱弱的物理水平根本聽不懂其中區別，論名氣海森堡更響亮一點，論工作博特更早開展一些，直到霍夫曼拍板：撥款5億，兩種都搞。

    博特關於石墨的實驗實際上已搞過很多次，此前一次也沒成功，海森堡自己也搞過，同樣沒成，但隨後實驗重水卻成了所以他認為石墨不行，只有重水才是正確道路。

    好在霍夫曼知道其中緣由：德國科學家用的材料因幾個猶太裔工程師使壞摻假以至於總得不出理論數字，然後這幫老實的科學家從沒懷疑石墨有問題，總以為思路不對，霍夫曼介入後，困難一下子就排除了，這個結果讓他提供