科學的過渡階段往往伴隨着殘酷的否定階段，不管是什麼養的科學種類都逃不過這個環節。

    達爾文進化論是19世紀中葉，達爾文創立了科學的生物進化學說，以自然選擇為核心，第一次對整個生物界的發生、發展，作出了唯物的、規律性的解釋，推翻了神創論等唯心主義及形而上學在生物學中的統治地位，使生物學發生了一個革命變革。

    在文藝復興以及思想啟蒙之後，現代科學的理性思維已經建立起來。達爾文的時代是十九世紀中後期，正是走出蒙昧，提倡科學的前一階段，在思想和理性上，為達爾文創立自然選擇進化論提供了思想依據。而青年時的遠遊，則為他積累了大量的實據，引發了他關於物種進化的思考並最終形成一個完整的體系。不可否認，由於當時科學不太發達，進化論存在理論缺陷，可隨着科學的不斷進步，進化論已經發展成現代綜合進化論了。

    其實反對進化論的目的只有一個引出神。現在這些反對進化論人士已經很隱晦了，不直接說神造，而是智能設計論，可物種如何出現的問題只有兩種可能，一是自然演化，一是被創造。即使我們地球的生命是被外星人創造的，那麼外星人從哪兒來依然是一個問題，依然存在是進化還是被創造的問題，因此，考慮宇宙中的生命，依然只存在自然演化與被創造兩種可能。

    否定了進化，即自然而然地引出了創造者，如果創造者是外星人，那麼這個問題沒有得到根本解決，因此，最終只有引出神造，才是根本目的，神在宗教那裏是不需要被創造的，這也是為什麼反進化論者基本上為宗教人士的原因，而創世說無論以何種名義作掩飾，都不會為科學研究增添絲毫有價值的東西。

    生物之間存在着生存爭鬥，適應者生存下來，不適者則被淘汰，這就是自然的選擇。生物正是通過遺傳、變異和自然選擇，從低級到高級，從簡單到複雜，種類由少到多地進化着、發展着。

    物種是可變的，現有的物種是從別的物種變來的，一個物種可以變成新的物種。這一點，如今早已被生物地理學、比較解剖學、比較胚胎學、古生物學和分子生物學等學科的觀察、實驗所證實，甚至在實驗室、野外都可以直接觀察到新物種的產生。所以，這是一個科學事實，其可靠程度跟「地球是圓的」、「物質由原子組成」一樣。在今天，除了少數由於宗教信仰狂熱而無視事實的人，實際上已無生物學家否認生物進化的事實。

    所有的生物都來自共同的祖先。分子生物學發現了所有的生物都使用同一套遺傳密碼，生物化學揭示了所有生物在分子水平上有高度的一致性，最終證實了達爾文這一遠見卓識。所以，這也是一個被普遍接受的科學事實。

    現在學術界一般認為，自然選擇的使用範圍並不象達爾文設想的那麼廣泛。自然選擇是適應性進化即生物體對環境的適應的機制，對於非適應性的進化，有基因漂移等其他機制。也就是說，不能用自然選擇來解釋所有的進化現象。考慮到適應性進化是生物進化的核心現象，說自然選擇是進化的主要機制，也是成立的。

    在達爾文在世時以及死後相當長一段時間，大部分生物學家，特別是古生物學家，都相信生物進化是能夠出現躍變的，認為新的形態和器官是源自大的躍變，而不是微小的變異在自然選擇的作用下緩慢而逐漸地累積下來的。包括赫胥黎在內的一些古生物學家由於強調生物化石的不連續性，而持這種觀點。在遺傳學誕生之後的一段時間內，早期遺傳學家們由於強調遺傳性狀的不連續性，也普遍接受躍變論。

    進化論是人類歷史上第二次重大科學突破。第一次是日心說取代地心說，否定了人類位於宇宙中心的自大情結第二次就是進化論，把人類拉到了與普通生物同樣的層面。所有的地球生物，都與人類有了或遠或近的血緣關係，徹底打破了人類自高自大，一神之下，眾生之上的愚昧式自尊。

    物種是演變的，這是事實，可演變的原因是什麼物種為什麼會變異為什麼物種竟然呈現出一種由簡單到複雜、由低級到高級的進化呢在達爾文之前，已有一些進化論者試圖解答這個問題，可他們的解答或偏離事實，或過於牽強附會。達爾文總結、揚棄了前人的學說，並注意從其他學科的學術思想中吸取養料，經過多年辛勤的探索和緊張的思考，提出了自然選擇學說，以此