和歷史上的太平天國南京大決戰一樣，太平軍十分重視南京北大門九洑洲的戰略地位，李秀成還沒有回師南京之前，洪秀全和蒙得恩就已經派遣南京城中最會打水戰的斂天義梁鳳超率領一萬多精銳駐守九洑洲，數量不多的南京太平軍戰船和大量強征來的民船也全部轉移到了狹窄的九洑洲北航道中，以此確保南京太平軍和長江北岸的聯絡。

    梁鳳超也沒讓洪秀全等人失望，那怕是在吳軍水師徐來部屯兵大勝關期間，由梁鳳超負責指揮的太平軍水師仍然還是沒有讓南京太平軍和江北太平軍失去聯繫，還多次冒險護送運兵運糧船隻橫渡長江，在吳軍水師的眼皮子底下給南京戰場送來了不少的江北糧食。吳軍馮三保部一度北上佯攻江浦時，梁鳳超所部也以嚴密的防守讓吳軍水師知難而退，沒敢乘勢向九洑洲發起進攻。

    當然，這些也和當時的吳軍戰略目的有關，當時吳軍最大的目的是向南京太平軍施壓，逼着李秀成儘快回師南京為上海吳軍分擔壓力，沒興趣也沒精力時間去收拾九洑洲太平軍，不然的話，以吳軍當時的水陸實力，一定要拿下九洑洲也不是絕對做不到。

    不過吳軍的暫時忍讓又造成了一個後果，就是讓梁鳳超認為自己有足夠的把握可以守得住九洑洲，用不着再讓人來插手九洑洲重地，所以李秀成派遣部將桂天義傅正綱率軍來九洑洲給梁鳳超幫忙時，梁鳳超不但沒有感激，相反還覺得李秀成是多此一舉，給自己添麻煩。——因為傅正綱帶着兩萬江浙太平軍登上九洑洲後，九洑洲上的太平軍不但要面臨重新調整營地佈防等等煩瑣問題，還出現了一島二軍兩個老大的麻煩問題，梁鳳超和傅正綱互不統屬，互相誰也無法指揮誰，也互相之間都有些對對方不服氣。

    「一群旱鴨子，不會打水戰跑來九洑洲，能起什麼作用？」

    這是梁鳳超在傅正綱軍登島時悄悄發出的抱怨，但還好，梁鳳超的性格也不算太固執，又知道李秀成也是一片好意，所以梁鳳超還是滿面笑容的歡迎了傅正綱軍的到來，調整營地騰出空間讓傅正綱立營，又和傅正綱約定遇事商議而行。然後到了確認吳軍水師已經從蕪湖出發東進後，梁鳳超也和傅正綱在第一時間商定，決定由梁鳳超軍負責打水戰和守炮台，由傅正綱軍負責阻擊吳軍水師登陸，還有負責保護九洑洲北航道上的十條浮橋。

    水上行軍當然遠比陸上為快，那怕吳軍水師沒有連夜趕路，到了吳軍曹炎忠部大戰秣陵關的當天上午時，吳軍水師還是從容開抵到了九洑洲上游，自東征以來首次以最強陣容出現在太平軍面前，也馬上先聲奪人，讓太平軍上下未戰先怯，心驚膽戰。

    厚積薄發的吳軍水師已經強過了太平軍水師太多太多，光蒸汽明輪炮船就有八條之多，其中兩條還是目前世界上最先進的鐵殼蒸汽炮船，又有六條形同水上炮台的風帆戰船和十六條紅單船助陣，舷炮超過八百門，又有四百多條軍用舢板保護近舷，浩浩蕩蕩連綿數里，實力足以碾壓最鼎盛時期的太平軍水師。所以在望遠鏡中看到了吳軍水師的龐大艦隊之後，不要說首當其衝的梁鳳超臉色發白，就連只負責打陸戰的傅正綱也失聲驚叫，「天！妖兵的水師怎麼有這麼多炮船？這仗怎麼打？」

    再怎麼心驚膽戰也得打，乘着吳軍水師還在調整隊形準備發起進攻，負責炮台和水師的梁鳳超趕緊命令軍隊準備作戰，炮台守軍全部就位並且提前安排好輪換軍隊，水師大船和沒有武裝的渡船貨船全部轉移到九洑洲的北航道出水口躲藏，小船則盡數佈置在九洑洲北航道的入水口，幫助傅正綱軍保護浮橋。同時匆匆聯絡江浦和浦口的太平軍，讓他們做好隨時出兵增援的準備。

    在此期間，梁鳳超和傅正綱發生了一次爭執，梁鳳超要求傅正綱的軍隊提前進入陣地，以便隨時阻擊吳軍登陸，傅正綱卻害怕自己的軍隊過於靠近江岸，被吳軍水師的炮火覆蓋傷亡慘重，堅持要等吳軍開始登陸時再出兵攔截，梁鳳超擔心這麼做會貽誤戰機和傅正綱爭辯，然後直接斗上了口。最後在旁人的勸解下樑傅二人雖然各讓一步，傅正綱同意讓部分兵力提前進入阻擊陣地，但兩人的心裏都極不痛快，互相覺得對方過於自私，也互相對對方大為不滿。

    鬥嘴的氣還沒消，吳軍的水師就已經開始動手了，六條體積龐大的風帆戰船在軍用舢板保護下排成縱隊，率先向着保護九洑洲北航道入水口的西南炮台殺來，八條蒸汽炮船以菱形