在原作的第一部快要完結時，主角團們會知道一個，對於他們來說極其殘酷的，有關整個世界的真相。

    從來就沒有所謂的寬恕和原諒，人類始終是赤與藍之神的棄民，蓋亞教廷對當年所述的一切全是謊言。

    七賢者的死因並不是自裁謝罪，實際上他們從未向神靈屈服過，如今的人世間都是他們奮戰的結果。

    所謂的神造之神赫爾梅斯，實際上是一種類似高達機甲的巨型構物，由黑白使徒作為其核心操控它進行滅世。

    在當年那場千年滅世之中，負責操控赫爾梅斯的白翼使徒伊麗絲，在關鍵時刻被七賢者之首伊扎克成功策反。

    他們聯合起來襲擊了黑翼使徒伊邪麗絲，雖然沒有將她徹底消滅，但也成功斬斷半邊翅膀，導致黑翼使徒隕落。

    隨着白翼使徒被策反，並導致了黑翼使徒的隕落，神造之神赫爾梅斯終於停止，赤與藍之神授意的滅世也無果而終。

    之後七賢者與白翼使徒繼續聯合，讓白翼使徒伊麗絲假扮為現世神蓋亞，編造了如今蓋亞教廷的宣傳口徑。

    但他們確實終止了假學的傳播，因為說到底使徒並不是主人，無法真正的操控神造之神赫爾梅斯。

    如果讓假學繼續在世界傳播，黑霧污染的面積持續不斷擴大，那麼就會有新的黑白使徒誕生，操控赫爾梅斯完成那未完成的滅世。

    所以七賢者主導成立的蓋亞教廷，才以一種一刀切的方式，將舊日假學的一切給盡數埋葬。

    還在蓋亞教廷之上成立秘密的內院，他們清楚千年滅世時發生的許多真相，職責就是在七賢者都不在以後，繼續領導這個世界埋葬假學。

    白翼使徒伊麗絲的壽命並非無限，當她死後由提前培養的複製人，繼續扮演現世神蓋亞的角色，於是真相就這麼被一代代的隱瞞與傳遞下去。

    然而等到系列的第二部時，新一批主角團們才會在不斷的冒險中，知道了真相背後的真相。

    赤與藍之神並非是世界的創造者，他們是從外星降臨而來的侵略者，這個世界真正的神靈是所謂「綠之神」。

    綠之神作為土著神靈，根本無法擊敗能夠星際旅行的赤與藍之神，於是縮到了世界最深處苟延殘喘。

    但他終究是這個世界的本源意識，權柄並沒有被徹底剝奪，所以依舊能夠通過另一種形式，不斷影響被赤與藍之神掌控的外界。

    比如黑霧在正常情況下，是不會造成前文提到的那種影響，只是一種正常的污染現象而已。

    之所以這個世界中會導致自然枯萎，被黑霧感染的動植物，對人類——確切地說是赤與藍之民——有着極強的憎恨，這都是源自綠之神的影響。

    但綠之神的真正殺招在於「千年之獸」，原作中關於千年之獸的信息並不多，所以不少是戴文瓘的推測。

    雖然說千年之獸的誕生和黑霧有關，但千年之獸和假學之間應該不是強關聯，真正孕育他的是文明程度而非假學本身。

    千年之獸應該是一種因文明到達一定程度，就會誕生出來毀滅世界的存在，只不過七賢者這一次輪迴體現為假學。

    因為在他們成功停擺赫爾梅斯，將假學給徹底埋葬以後，並不能完全阻止千年之獸的誕生。

    然而赫爾梅斯誕生的最大目的，並不是毀滅觸怒赤與藍之神的人類文明，而是為了保證人類文明不因為千年之獸而被徹底摧毀。

    赤與藍之神似乎必須要離開這個世界一段時間，為了防止世界被徹底毀滅，他們才創造了神造之神。

    赫爾梅斯沒有足夠的力量擊敗千年之獸，所以赤與藍之神的對策別出心裁，赫爾梅斯不需要擊敗千年之獸。

    所以赤與藍之神並未因人類發展假學而憤怒，之所以要讓神造之神赫爾梅斯滅世，恰恰是為了讓人類更久遠的生存下去。

    這就是神造之神赫爾梅斯的使命，通過輪迴滅世防止千年之獸誕生，這樣雖然人類文明會從零開始，但人類本身卻不會徹底滅亡。

    然而這種千年輪迴在上一次出了問題，由於七賢者策反了白翼使徒，導致千年滅世被提前終止，千年之獸第一次真正的誕生了。

    於是七賢者在戰勝赫爾梅斯後，又面臨着千年之獸這個可怕的敵人，好在他們得到了意想不到的幫助。

    大概是因為當年創造千年之獸的時候，綠之神還太年輕太幼稚，因此對赤與藍之神帶來的一切充滿憎恨。

    但經過這麼多年的觀察後他發現，誒原來人類文明這玩意對神靈是有好處的呀，所以說固然對赤與藍之民依舊憎恨，但他也不希望世界被徹底毀滅。

    可顯然千年之獸是一段被寫死的代碼，即便是它的創造者綠之神，現在也沒有辦法進行修改，這就仿佛是已經進入社會成為社畜的自己，看到當初中二時期的產物時一樣。

    但歸根結底祂畢竟是千年之獸的創造者，於是綠之神與七賢者聯手，通過綠之使徒創造出了，專門針對克制千年之獸的黑耀大劍，最終成功肢解並斬殺了千年之獸。

    然後就是七賢者和綠之神的翻臉，畢竟他們的立場從一開始就不相同，假學是真的有危害，然而這種危害是可以緩解的，那就是只要封印乃至重創綠之神便可以。

    於是七賢者製造出誅神塔，試圖朝着地心來一發誅神之刃，可惜被綠之神提前察覺，派遣綠之使徒做了手腳。

    最後就遊戲目前的情況來看，除了一個帕拉迪翁以外，其他留人全部死在了誅神塔當中，而帕拉迪翁卻也不回歸蓋亞教廷，就這麼詭異的開始在世界各處遊蕩。

    不過這個計劃在遊戲第二部