申時行與王錫爵日間的簡單會晤沒有達成一致看法，或者應該說兩人都沒法準確斷定高務實在本次京察中的實際目的。

    京察嘛，搞掉一些對方的人，換上一些自己的人，這是正常操作，大家都是很清楚的。只不過高務實做事對於他們而言有時候顯得太過天馬行空，很難抓住他的意圖來進行相應的準備。

    申時行傾向於認為高務實打算在南京官場動大手術，換言之就是把南京的實權拿到手。

    雖然說京察主要針對的是四品以下官員，南京六部的堂上官們是直接找皇帝交自陳，最終由皇帝決斷誰留誰滾蛋，但實際上四品以下官員掌握實權的並不少。

    與絕大多數朝代不同，有明一代是正式實行「雙京制」的。眾所周知，南京作為中國歷史上少有的十幾個政權定都的城市，其地理優勢不言而喻。

    朱元璋起兵之時就對南京的優勢非常清楚，他前期的謀臣馮國用就曾建議朱元璋先定金陵，曾向朱元璋建議：「金陵龍蟠虎踞，帝王之都，先拔之以為根本。然後四出征伐，倡仁義，收人心，勿貪子女玉帛，天下不足定也」。

    由於當時江浙的經濟優勢冠絕南方，所以佔據南京就等於擁有了江浙的財富根基，因此朱元璋也能夠在處於四戰之地的情況下遊刃有餘，掃平了陳友諒、張士誠，進而北伐中原。

    但是這並不代表朱元璋對定都南京是完全滿意的，其實在朱元璋的心裏，南京過於偏安一隅，不能夠穩定全國，一直有所謂「以金陵為南京，大梁為北京，朕於春秋往來巡守」的想法。

    不過等到洪武十一年，朱元璋經過深思熟慮之後認為，大梁也就是開封由於地理位置是四戰之地，並不適合成為都城，但朱元璋從未放棄過尋找新的都城，他的目標有三個：「洛陽、西安、北平」。這三個城市各有優勢，不過朱元璋還沒來得及做好決定就駕崩了。

    朱棣發動靖難之役奪取皇位之後，幾乎立刻開始考慮遷都問題，原因也很簡單，畢竟北京是自己的「龍興之地」，所以他非常的想給自己的承繼大統加上一個合理的理由，所謂「自昔帝王，或起布衣，平定天下，或外藩入承大統，而於肇跡之地，皆有升崇。」

    另一方面，北京地理位置更加利於對抗蒙古、控制北方，所以朱棣決定遷都。到了永樂十八年，北京宮殿營建完畢，朱棣徹底決定遷都北京，而改南京為留都，但是這並不代表明朝從此就把北京當成唯一的都城了。

    朱棣死後，明仁宗朱高熾一度想要遷都回到南京，後來明宣宗及時叫停，從此北京的地位才開始穩固。

    都城遷了，但並不代表機構也完全搬過來了。當時的情況是南京的衙門由於在遷都過程之中還得審理案子，維持全國運轉，所以就沒有裁撤，而遷都完成之後南京衙門就沒用了，所以永樂後期南京的六部前面全部加上「南京」二字，這樣也就形成了明朝獨具特色的南京六部。

    南京的六部相比北京的六部，其實看上去也沒差太多。根據大明朝廷的制度，六部各設有尚書一人、左右侍郎各一人，都察院設有左右都御使、左右副都御史、左右全都御史，下轄十三道監察御史一百一十人。

    這些機構南京也是有的，但與北京六部仍有區別：南京的六部是沒有左侍郎的，吏部的衙門也沒有員外郎，南京都察院也沒有左都御史。

    南京六部平時基本上沒有什麼事，比如南京刑部只能管理南京的案件，別的地方的案件無權審理；南京的吏部也是只能考核南京地區的官員。大部分的南京衙門都是養老的聖地，大家從北京退休就到南京享受待遇，不亦快哉。

    但是這並不代表南京的衙門就不重要了，作為鞏固大明帝國陪都的系統，南京六部在關鍵時刻還是能發揮作用的，至少直接就能接管半壁江山，可見平時大家都認可「南京管理南方」這一思路。不過平時南京的最高行政機構卻不是南京的六部，而是南京的「守備會議」。

    南京平時是設立一個守備的，作為替天子看守南京的存在，南京守備大部分都是王公大臣，其中絕大多數時候由魏國公出任。而由守備、參贊、內守備等官組成的守備廳會議，則是南京最高權力所在。

    這個組成有一定的制度性，其中南京參贊機務是南京兵部尚書兼任的，所以南京兵部尚書也是南京六